話の前に、タグ管理のUIとしてTagSieve :: Add-ons for Firefoxを使うことを前提にしています（こんなことができるアドオンです）。
タグ管理が流行らない理由にFirefoxにまともなUIがないのが最大の理由かと思いますが、他に登録時にタグ名を考えるのが面倒とか、探す時タグ名がたくさんで探しにくいというのもあると思いますので、少し私の実践している（まだ全然練れてないけど）コツを書いてみます。
それとここに書く方法は、たぶんSNSブックマークのタグ管理には役に立たないと思います。
※ブックマーク管理で操作する前に、places.sqliteをバックアップして作業しましょう。
1.は、「一般名」「種類」「属性・機能」のように3つくらい登録できると、検索するとき絞り込みが楽になります。
例えばFirefoxのアドオンのNoScriptをブックマークするとき「firefox」「extention」「security」のようにします。
逆にタグを1つしか登録しないなら、ブックマークのフォルダ管理でやった方がマシです。
2.は、キーボードからタグを入力すると1文字目から候補が表示されるので楽なのと、「ウイルス」「ウィルス」、「プリンタ」「プリンター」など単語がブレないようにするためです。
マウスで登録したタグを探しながら入力する場合、日本語でもブレないでしょうが、タグが増えると探すのが大変になります。
3.は、困ってから考えればいいんだよ！（タグ名の変更なんて簡単なのだから）
タグが増えてくると目的のタグを探すのが大変になってきます。
タグの並びをサイズの大きい順に並べるのも一つの手ですが、それをすると名前で探すとき苦労しますのでタグは名前順に表示するのが無難です。
おすすめなのは、絞り込み用に「*」＋「ジャンル名」のタグを追加することです。
例えば、webに関係するタグの全てに「*web」のタグを加えると、名前順表示では上位に表示されて探しやすい上、「*web」を選んだ時点でwebに関係あるタグだけに絞り込まれますので簡単に探せるようになります。
[画像]絞り込みに使うのは必ずしも「ジャンル名」である必要はありません。絞り込みたい単語に「*」を付ければ探しやすいという話です。
ただし一つだけ注意点があります。
「*」を付けるタグは単独で指定しない（複数でも絞り込み用の「*」付タグだけにしない）ということです。
これは、「*」をつけた絞り込み用のタグはその目的からたくさんのブックマークを配下に置くことになります。そんな状態で例えば「*web」しかタグのついてないブックマークは絞り込めなくなってしまうからです。
私の場合、この考え方を持つ前からタグを入力していたので、「firefox」のタグしかついてないブックマークがたくさんあります。とりあえずアドオンには「extension」のタグを付けましたが、絞り込みに「firefox」を使うと「extension」の含まれる状態になるので、firefoxのタグしかついてないブックマークが探し出せない（こんなとき実際には下にある「Bookmark search」で絞り込みます）という勝手の悪い状態になっています。これは、タグは最低でも2つ以上登録するべき理由でもあります。
参考：
絞り込みタグを追加する場合のタグの追加方法
既にあるタグを「*」付に変更する方法
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