user.jsには起動したときにデフォルトにしたい内容のみ記述したほうがよいでしょう。
私は移行する際に一度だけよみこませ、user.js.txtにリネームしています。
// アドオンの互換チェックをやめる
// b（Beta）
// a（Aurora）
// Nightly（Nightly）
user_pref("extensions.checkCompatibility.29.0", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.30.0", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.30.0b", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.31.0a", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.31.0b", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.31.0", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.Nightly", false);
// bookmarkbackupsに何世代バックアップを作るか（15もいらない）
user_pref("browser.bookmarks.max_backups", 3);
// アニメーションはしなくていい
user_pref("browser.fullscreen.animateUp", 0);
user_pref("browser.panorama.animate_zoom", false);
user_pref("browser.tabs.animate", false);
//「タブを閉じる」ボタンの表示方法（マウスの中ボタンで閉じるので非表示）
// 0:アクティブなタブのみ *1:全てのタブ 2:表示しない 3:タブバーの右端
user_pref("browser.tabs.closeButtons",2);
（Firefox 31で廃止）
// 最後のタブを閉じたときFxを終了しない(Fx 3.0と同じ動作にする)
user_pref("browser.tabs.closeWindowWithLastTab", false);
// 検索結果を新しいタブに開く
user_pref("browser.search.openintab",true);
// バックグラウンドでURLを開く
user_pref("browser.tabs.loadDivertedInBackground", true);
// 新しいウィンドウの制限
// 0:常に現在のタブ（ウィンドウ）または新しいタブに開く
// 1:JavaScriptで開かれるウィンドウは対象外とする
//*2:大きさ・位置・ツールバーの指定があるJavaScriptは対象外とする
user_pref("browser.link.open_newwindow.restriction", 0);
// onclickイベントで右クリックを禁止させない
user_pref("nglayout.events.dispatchLeftClickOnly",true);
// JavaScriptでコンテキストメニューを無効化または変更させない
user_pref("dom.event.contextmenu.enabled", false);
// スクロールバーで中クリックした位置にスクロールポジションを移動
user_pref("middlemouse.scrollbarPosition",true);
// テキストフィールド内の中クリックで、クリップボードをペーストする
user_pref("middlemouse.paste",true);
// ソースの表示で長い行を自動的に折り返す
user_pref("view_source.wrap_long_lines",true);
// セッション情報保存間隔を延ばして負荷軽減(デフォ：15000)
user_pref("browser.sessionstore.interval", 60000);
// 位置情報通知機能を無効化
user_pref("geo.enabled",false);
// 新しいタブは空白にする（デフォ：about:newtab）
user_pref("browser.newtab.url", "about:blank");
// 新しいタブに表示するサムネイルを作らない
user_pref("browser.pagethumbnails.capturing_disabled",true);
// Backspaceキーの挙動 0:履歴を戻る Shift+で進む、1:スクロールアップ 2:なにもしない
// Enter押すときにBackspaceに指があたってギャーってなるので(^^;
user_pref("browser.backspace_action", 2);
// マウスホイール加速機能（デフォはOff：-1）
// http://journal.mycom.co.jp/news/2010/02/02/007/index.html
user_pref("mousewheel.acceleration.start", 9);
// 加速度（デフォ：10）
user_pref("mousewheel.acceleration.factor", 1);
// .startは加速を開始するまでのホイールカウント？
// .factorは加速量
// どちらもabout:configから修正してすぐ適用される（再起動不要）ので
// 別タグに縦長のサイトを表示して納得いくまで調整するといいです。
// 私はlogicoolの高速スクロールを使っているので、画面1/3くらいまでは
// マウスドライバー任せドライバーでも加速しているので、.factorは1です
//新しいタブのページによく表示するページのサムネイルを表示しない（デフォ：true）
user_pref("browser.newtabpage.enabled", false);
//キャッシュページ数（places.sqliteを10MBに抑えたい）
user_pref("places.history.expiration.max_pages", 15000);
// カラーマネジメントICCv4を有効にする http://zfsfs.blog.fc2.com/blog-entry-58.html
user_pref("gfx.color_management.enablev4", true);
user_pref("gfx.color_management.mode", 1);
user_pref("gfx.color_management.rendering_intent", 1);
5/26 about:configで設定していたカラーマネジメントを追加（次回忘れないよう）
ユーザースクリプトは、だいたい
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