user.jsはお気に入りの設定を書いておいて移行するとき1回だけ使ってます。
（新規プロファイルでFirefoxを一度起動しなおしたらuser.js.txtにリネーム）
// アドオンの互換バージョンチェックをしない
// http://puppet.asablo.jp/blog/2009/11/18/4702965
user_pref("extensions.checkCompatibility.4.0", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.4.0pre", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.4.2a", false);
user_pref("extensions.checkCompatibility.4.2b", false);
// bookmarkbackupsに何世代バックアップを作るか
user_pref("browser.bookmarks.max_backups", 3);
// アニメーションはしなくていい
user_pref("browser.fullscreen.animateUp", 0);
user_pref("browser.panorama.animate_zoom", false);
user_pref("browser.tabs.animate", false);
//「タブを閉じる」ボタンの表示方法
// 0:アクティブなタブのみ *1:全てのタブ 2:表示しない 3:タブバーの右端
user_pref("browser.tabs.closeButtons",2);
// 最後のタブを閉じたときFxを終了しない(Fx 3.0と同じ動作にする)
user_pref("browser.tabs.closeWindowWithLastTab", false);
// 検索結果を新しいタブに開く
user_pref("browser.search.openintab",true);
// バックグラウンドでURLを開く
user_pref("browser.tabs.loadDivertedInBackground", true);
// ダウンロード履歴を 0:残さない 1:Fx終了時にクリアする *2:クリアしない
user_pref("browser.download.manager.retention",1);
// ダウンロードファイルを最近使ったファイルに追加しない
user_pref("browser.download.manager.addToRecentDocs", false);
// 新しいウィンドウの制限
// 0:常に現在のタブ（ウィンドウ）または新しいタブに開く
// 1:JavaScriptで開かれるウィンドウは対象外とする
//*2:大きさ・位置・ツールバーの指定があるJavaScriptは対象外とする
user_pref("browser.link.open_newwindow.restriction", 0);
// 右クリックを禁止させない
user_pref("nglayout.events.dispatchLeftClickOnly",true);
// JavaScriptのコンテキストメニューを無効化または変更させない
user_pref("dom.event.contextmenu.enabled", false);
// スクロールバーで中クリックした位置にスクロールポジションを移動
user_pref("middlemouse.scrollbarPosition",true);
// テキストフィールド内の中クリックで、クリップボードをペーストする
user_pref("middlemouse.paste",true);
// ソースの表示で長い行を自動的に折り返す
user_pref("view_source.wrap_long_lines",true);
// 画像を自動でウインドウサイズにリサイズしない
user_pref("browser.enable_automatic_image_resizing", false);
// 10px以下のフォントは強制的に10pxにする（最小フォントの設定値）
user_pref("font.minimum-size.ja", 10);
//セッション情報保存間隔を延ばして負荷軽減(デフォ：15000)
user_pref("browser.sessionstore.interval", 60000);
//拡張機能インストールの待ち時間（デフォ：2000）
user_pref("security.dialog_enable_delay", 1000);
//位置情報通知機能を無効化
//http://mozilla.jp/firefox/features/geolocation/
user_pref("geo.enabled", false);
// Backspaceキーの挙動 0:履歴を戻る Shift+で進む、1:スクロールアップ 2:なにもしない
user_pref("browser.backspace_action", 2);
// タスクバーにタブのプレビューを表示しない
user_pref("browser.taskbar.previews.enable", false);
// 最近閉じたタブに表示する数（タブ復元の記憶数）
user_pref("browser.sessionstore.max_tabs_undo", 30);
//自動リロード禁止
user_pref("accessibility.blockautorefresh", true);
// マウスホイール加速機能Off（デフォ：3からoffの-1に変更された）
// http://journal.mycom.co.jp/news/2010/02/02/007/index.html
user_pref("mousewheel.acceleration.start", -1);
「*」がついてるものはデフォルト値
DOM InspectorやStylishを入れてるカスタマイズ用プロファイルには不具合回避で以下追加してます。
// DOM Inspector選択要素点滅不具合回避
user_pref("gfx.direct2d.disabled", true);
// ＋ AAがずれないようにする
user_pref("gfx.font_rendering.directwrite.enabled", false);
ぜんぜん関係ない話だけれど、たまに全画面（F11）でナビゲーションが隠れるのを不便と嘆く人を見かけたりするのですが
about:configで
「browser.fullscreen.autohide」を「false」にすれば希望通りになると思うのですけれど
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